Theo quan điểm của Việt Nam, sau 23 ngày đêm chiến đấu liên tục trong chiến dịch phản công (15 tháng 10 đến 6 tháng 11, 1953), Ðại đoàn 320 cùng lực lượng vũ trang tỉnh Ninh Bình đã đánh gần 100 trận lớn, nhỏ, loại khỏi vòng chiến đấu hơn 4.000 quân tinh nhuệ của địch. Qua đó đã "bảo vệ vững chắc được vùng hậu phương quan trọng, bảo toàn được chủ lực, giữ vững quyền chủ động chiến lược, tạo thêm điều kiện thuận lợi để quân và dân ta bước vào chiến cuộc Đông Xuân 1953-1954".[8]

Theo quan điểm của Pháp, lực lượng viễn chinh Pháp đã gây cho Việt Minh thiệt hại lớn gồm 1.000 chết, 2.500 bị thương, 182 bị bắt, thu giữ 500 vũ khí bộ binh, 100 bazooka và 3.000 quả mìn.[18] Qua đó, đã tiêu diệt một phần ba quân số của Đại đoàn 320, làm suy yếu Đại đoàn 320.[20] Tổn thất được phía Pháp đưa ra là 113 người chết, 505 bị thương và 151 người mất tích.[18]

Dù tuyên bố thắng lợi, nhưng cuộc hành quân Mouette khiến cho Navarre bắt đầu lo ngại về cuộc chiến. Trong bản tường trình 707 ngày 10 tháng 11 năm 1953 gửi chính phủ Pháp, tướng Navarre đã viết:

Theo ý kiến của tôi, tướng Cogny và tướng Gilles, nếu chúng ta đưa lục quân của chúng ta, với chất lượng như hiện thời, ra khỏi một bán kính 10 km có pháo binh yểm trợ, thì nếu chạm trán với bộ binh địch, nó sẽ bị đánh bại.[5][18]

Ký giả Pháp Pierre Rocolle thì ghi:

Tướng Navarre rút ra kết luận: Quân viễn chinh Pháp kém khả năng chiến đấu khi gặp chiến trường phức tạp và phải đương đầu với những trận tao ngộ chiến. Thí dụ: Binh đoàn cơ động số 4 đã mất đứt 1 tiểu đoàn trong ngày 27-10-1953.[5][21]

Jane Errington và B. McKercher, trong sách The Vietnam War as History đã gọi cuộc hành quân Mouette là một "chiến dịch hạn chế" (modest operation).[22]

Trong thời gian diễn ra chiến dịch phản công tây nam Ninh Bình, các đơn vị chủ lực khác của Quân đội nhân dân Việt Nam đã bắt đầu triển khai ở khu vực Tây Bắc, Trung Lào như kế hoạch, chuẩn bị cho các chiến dịch ở Lai Châu, Trung Lào và Hạ Lào.[23]

Sau Ninh Bình, tháng 12 năm 1953, Navarre tổ chức liên tiếp nhiều cuộc càn quét lớn vào khu căn cứ du kích nam Thái Bình, bắc sông Luộc nhằm nhằm tiêu diệt chủ lực, phá hủy căn cứ du kích để giành lại thế chủ động trên chiến trường. Từ tháng 12 năm 1953 đến tháng 3 năm 1954, số trận càn ở quanh khu vực Kiến An, Hưng Yên, Hải Dương lên tới 392 cuộc.[3] Tuy nhiên, điều đó là không đủ để cứu vãn tình thế bị động trên chiến trường của quân đội Pháp. Từ tháng 3 năm 1954, khi chiến dịch Điện Biên Phủ bắt đầu, lực lượng vũ trang của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa ở đồng bằng Bắc Bộ cũng mở nhiều mặt trận phối hợp. Đại đoàn 320 từ Ninh Bình xuyên qua tuyến phòng thủ của quân Pháp và chiếm được toàn tỉnh Nam Định cũng như các tỉnh lỵ Lý Nhân, Ninh Bình, Thái Bình vào tháng 5 năm 1954.[3][8]